2015年，杨少军作为高层次技术性人才被引入北海市中医医院，成为重点专科脾胃病科的学科带头人、学术经验传承人、硕士生导师，专注于中医中药防治脾胃病、慢性肝病的临床、教学及科研工作，获得“广西名中医”“北海名医”“北海市名中医”等称号。近年来，他专攻治未病科，专注于亚健康与慢性疲劳综合征、失眠与抑郁症等方面的调治，在继承与创新中用中医药治愈患者。

　　在功能性消化不良诊疗中，杨少军突破传统“脾虚”框架，从患者“食欲不振，脘腹胀满”的症状中，提出“痞滞不通”是胃动力障碍的核心病机。“胃如河道，淤堵则不通。”他以中药莪术、威灵仙破血行气、消积散结、通降导滞功效立法施治消化不良，临床疗效大幅提高。

　　针对脂肪肝，杨少军创新性地提出“浊毒/浊脂客肝”理论，相关基础研究曾获国家自然科学基金立项，用解毒消脂法治疗脂肪肝获得患者的广泛认可。他研制了针对慢性便秘的“固元便秘膏”、胃食管反流病的“疏肝和胃膏”、功能性消化不良的“胃消安膏”、脂肪肝的“舒肝祛脂膏”、失眠与抑郁症的“补脑安神膏”，成为患者口碑相传的“好药”。他主持及参与国家级、省市级科研项目17项，发表86篇学术论文；先后培养了16名硕士、7名省市级中医药师承教育学术继承人。

　　“传统不是枷锁，而是创新的起点。中医要在传承中创新，在创新中传承。”杨少军说，他将体质学说与治未病理论结合，为亚健康人群辨证定制调理方案，让传统中医在现代诊疗中焕发新生。